возможен, конечно. и на месте литовцев я бы приложил усилия к тому, чтобы этот поезд туда перевести. россияне по-прежнему смогут им ездить в вильнюс, имея только литовскую (или другую шенгенскую) визу, для них ничего не изменится. а литовцам не придётся заморачиваться с белорусской визой.
правда, это приведёт к увеличению времени в пути, где-то на полтора-два часа. но, имхо, это не смертельно...
Этот поезд не мешало бы ускорить на часик, а то отправление с начальных станций довольно рановато (особенно из Вильнюса). Да и таможня в удобное время - вечером, либо рано утром, а не средь ночи, как было бы через Латвию.
Касательно виз для литовских граждан - всё равно бОльшая часть из них визы делает через турфирмы без похода в посольство (комиссионные порядка 10 евро за визу, транзитка чуть дешевле), так что неудобств не особо и есть.