Вы хотите сказать, что основной контингент дальнего пригорода ездит из условной Коломны в условные Томилино-Малаховку? Что-то есть серьезные сомнения в этом:) Если уж от Москвы до Раменского запускается интегрированная в городской транспорт Москвы "МЦД", то пусть и собирает эти остановки, катаясь по 1-2 путям. Если делать капитальную стройку, то в рамках модернизации устранить враждебные маршруты, отделить 3-4 пути от грузового парка и устранить остальные проблемы, ограничивающие их пропускную способность.
Соответственно, весь дальний пригород перевести на 3-4 пути, пусть едет Раменское - Отдых (?)-Люберцы-далее по ситуации, но локальные остановки без пересадок строго мимо.
Кому нужно, вполне сможет пересесть и доехать на городской электричке также, как люди пересаживаются из электрички на метро.