Не знаю, упоминал-ли кто закрытые линии:
Бескудниково-Лосиноостровская (поэтапно закрывалась)
Нахабино-Павловская Слобода
Мытищи - Пирогово (сейчас только грузовое движение до парка Мытищи-Северные, где рядом существовала платформа Динамо)
Панки - Дзержинская (за исключением платформы Дзержинская и прилегающего участка не разобрана, грузовое движение)
Ещё было пассажирское движение (не Москва, но примыкало к Московской пригородной высокоплатформенной зоне) Бужаниново-Краснозаводск
Ещё - аналогично - Клин - Высоковск
Ещё вспомнилось Ромашково - Рублёво, вроде когда-то линия шла откуда то из Немчиновки или Трёхгорки на Рублёво, но потом её укоротили до Ромашкова. Надо карты старые смотреть, где-то такие сведения видел
Ну, Малое Московское кольцо, тоже сообщение было - один раз, отменили, второй раз, опять отменили. Ещё вроде одно время поезда ездили не просто по Кольцу, но и уходили на некоторые радиальные ветви
Ещё Москва - Нижегородская - разобранная пассажирская а затем грузовая станция, и перегон к ней.
Что-то ничего больше не вспоминается
Куда-то, возможно, ходили поезда дальше Красноармейска, возможно, что на закрытую территорию военного полигона. Об этой дороге есть на сайте у господина Болашенко
Вроде в районе Новопролетарской нимкогда пассажирского сообщения не было?