В случае с ПИДом это связано с реформированием начала нулевых. Хоть акции самого ПИДа не предполагалось продавать, но далее из него выделяли десятки АО (тогда ОАО) на продажу, полную или частичную. Поэтому МПС реформировали в ОАО.
Кроме того, АО более "прозрачно" для собственника, чем ФГУП.
Частник, если он один и не планирует IPO, предпочитает ООО, поскольку меньше раскрывать информации.
ЦППК продавалась по частям. Вначале РЖД сохраняло там блокирующий пакет
Здесь другая причина. Путин как-то гениально потребовал, чтобы госкомпании каждый год повышали производительность труда на 5%. И к этому привязаны премии их руководителей. Производительность труда = выручка / численность. Если выручка недостаточно растёт, надо уменьшать численность. Начинают, конечно, с санаториев, столовых и т.п., выделяя их в отдельные юрлица, - на выручку от перевозок это не влияет, а численность снижается. Ну а когда закончились непроизводственные подразделения, перешли к избавлению от ремонтных.
Результат - совокупно по отрасли производительность труда понижается, но госкомпания отчитывается, что у неё рост.