Приветствую!
Ездил много раз, правда, ни разу по транзитной визе. Но это не важно, так как вокруг всегда достаточно народу с транзитными УПЖД. Так вот ни разу не замечал, чтобы к кому-либо из них было сколь-нибудь повышенное внимание пограничников. Паспортный контроль, и всё. Ну, если только детские группы, то да, разрешение требуется и проверяется.
И главное - таможенников в поезде нет, так как предполагается, что пассажиры с УПЖД едут из России в Россию, выходить на территории Литвы они права не имеют, и их вообще не досматривают. Бутерброды с колбасой таможенники попросят выкинуть на выходе в Вильнюсе (если таковые бутерброды имеются, конечно).
Ваши волнения совершенно напрасны, счастливого пути!