Ну это реально какая-то недоработка, либо недогляделка, видимо никто не тестировал такой сценарий(видимо, предполагали, что никто не будет хранить деньги на кошельке вместе с проездным и ж/д билетом). Вспомнилась история с соседнего форума, как человек доехал до Железнодорожной(ему списали полную сумму за поездку в зону Пригород) чисто встретить человека и потом вернулся обратно, но на входе вместо списания суммы с кошельку за поездку в зоне Пригород зачли пересадку, потом поехал в Салтыковскую, где ему валидатор предъявил отсутствие 21 рубля(сумма доплаты за поездку в зону Пригород)(подробностей не помню, помню, что между выходом и входом в Железнодорожной прошло мало времени, чтобы зачли пересадку). Потом выяснилось, что при пересадке, информация о станции закрытия поездки как бы "стирается", благодаря чему можно продолжать путь далее и закрыть поездку на нужной станции/о.п., но вместе с этим и возникает проблема: подобная система расчитана на поездки в одну сторону, но никто не тестировал поездку сначала в одну сторону, потом сделать пересадку, а затем поехать в другую сторону.
Из-за этого я понял, что система оплаты Тройкой на МЦД это такие костыли на костылях и костылями попахивает, что удивлён как вообще работает.
Чтобы не выходить на приграничной станции МЦД по билету и заходить обратно по тройке-проездному, а выходить только на станции назначения. Другое дело, что при имеющихся глюках получается лучше вообще иметь две тройки: один с городским проездным и иногда записывать туда железнодорожные билеты, если имеет смысл(если не имеет, то согласен с вами, лучше брать бумажный), а второй без проездного, чисто с деньгами на кошельке.