Так, что еще забыли...
Москва-Сав - Бубяково (ЛВ, после того, как станцию Бубяково грохнули, продлили до Наугольного, сейчас отменили)
Москва-Киевская - Чернецкое (сейчас станцию грохнули, остались только рейсы до Крестов, Мачихина и Бекасово-Сорт)
Москва-Кур - Пахомово, Шульгино (много было в начале 90-х по выходным, сейчас, вроде осталось что-то аж до Ясногорска и вроде была до Ревякина, остальные вроде как отменили или порезали по Тарусской, но не уверен, в лом смотреть).
Москва-Каз - Воскресенск - Егорьевск (набивалась в "мясо", но была отменена как "неудачный эксперимент").
Лесной Городок - Аэропорт
На БМО (помимо отмененных прямых рейсов из Москвы) много что отменили. Раньше видел следующее:
Александров-I - Александров-II, Александров-I - Карабаново
Александров-I - Владимир (вроде бы 6ХХ нумерации, сидячка под электровозом)
Жилево - Яганово, Жилево - Сотниково (когда-то якобы были рейсы Кашира - Воскресенск)
Мякинино - Михнево, Детково, Сандарово, Бекасово-1, Акулово (после закрытия станции Мякинино часть рейсов продлили до Непецина, часть укоротили до Яганова, часть отменили)
Яганово - Бекасово-1, Акулово (сейчас Домодедово, НЯП, дальше Сандарова не ездит, да и до него только 1 пара есть).