То, что зоны точно будут на МЦД. К примеру, "по городу" зона А, "за городом" зона Б. Сейчас такое есть в ТиНАО, но по факту не действует из-за невозможности системы АСКП работать с "зонами".
Грабёж на железной дороге - это сейчас. То, что там сейчас - это не тарифы, а так, "сбор дани за n километров пути". И сейчас дешевле доехать до ближайшей остановки, где есть метрополитен, ведь в метро уже есть нормальные, адекватные тарифы. Единственный смысл МЦД - разгрузить метрополитен. Это возможно только с помощью единых билетов, без зон в пределах города.
P.S. Кстати, не удивлюсь, что если бы область вложила деньги в МЦД, то городской тариф был бы и до конечных станций МЦД. А так - его не будет. Так что, жители того региона, который оплачивает МЦД не потеряют вообще ничего.