Они очень неглубоко убирают. У нас если Алексеевскую ветвь сверху коробом перекрыть, примерно такое и получится. А если копают специально, то опять же неглубоко и чаще всего открытым способом. Был у нас такой проект в 30-е годы, но в итоге посчитали что это слишком трудоемко и вместо него решили строить метро - оно быстрее и дешевле. Но это еще в 30-е годы к сносу зданий относились значительно проще, чем сейчас. Сейчас пробить в исторической застройке коридор под желдорветку, даже с перспективой ее закапывания и устройства сверху всяких сквериков, никто не даст. И правильно сделает.
А глубокие тоннели вести - проблема чисто геометрическая. Допустимые радиусы и уклоны-то у ж.д. совсем не такие как у метро.
А какая в принципе разница-то? Технических зон ни там ни там не предусмотрено.