Частники получают деньги за транспортную работу из бюджета.
Бюджет (в дополнении к имеющимся у него статьям доходов в виде налогов) получает деньги от пассажиров с продажи билетов.
За транспортную работу надо заплатить больше, чем получается денег от пассажиров.
Связано это с тем, что:
- стоимость проезда установлена ниже себестоимости
- часть пассажиров за проезд не платит или платит частично (льготники).
Разница между доходами от продажи билетов и расходами на транспортную работу компенсируется иными видами доходов бюджета (например, налогами).
Таким образом и оплачивается проезд льготников и платников, катающихся по всяким разным безлимитным и другим видам дешевых билетов.
Видимо на переходный период существует некая система взаиморасчетов между МосМетро, МГТ и Организатором перевозок. Конкретика в данном случае не так важна, потому что система сводится к перекладыванию денег между карманами одного и того же пиджака.