Проблема в том, что здравых предложений мало. А вот маразма "шобы красиво и як у Берлине" - много. Нумерация в Мск более-менее нормальная (особенно если убрать "достижения" последних лет типа т3о, с7, м89 и прочей такой хрени), тем более это не самая большая проблема московского транспорта.
Свести все номера всех видов транспорта по порядку в единую нумерацию, сохранив по-максимуму те, что уже есть, не трогать исторически сложившиеся номера типа Б или тому подобных, убрать вышеописанные маразмы и сократить число букв в номерах до минимально необходимого. Ну и нормальные аншлаги на остановках сделать, а "флаги" забыть как страшный сон.
Вот и я говорю, что смысла переделывать всё почти с нуля нет. Поправить ряд идиотизмов - этого будет достаточно.
Я бы 1-100 отдал бы трамваям. Их маршрутов не особо много, за сотню вряд ли вылезут и при этом отличаются от других видов транспорта количеством цифр.