Скорее всего, имеется в виду "Лицензия на право перевозок пассажиров и багажа железнодорожным транспортом". Её выдаёт Ространснадзор (Федеральная служба по надзору в сфере транспорта), который является подразделением Министерства транспорта. К РЖД это контора не имеет никакого отношения, кроме того, что у самого РЖД должна быть лицензия, выданная Ространснадзором.
Не очень верится, что состояние путей и подвижного состава там настолько плохое, что не удаётся получить лицензию. Алапаевская дорога имеет лицензию, Кудемская - тоже, а в Иваново её получить не могут???